El clima de Txingudi es templado (temperatura media anual 13,92 ºC), humedo (1.727,5 mm de precipitación anual) y sin estación seca. En Txingudi llueve durante todo el año y de forma regular, sin sequía estival. La abundancia de masas nubosas que penetran en el estuario procedentes del Cantábrico, empujadas por los vientos dominantes del noroeste, topan con las barreras montañosas de Jaizkibel y Aiako Harria, sufriendo condensación y descargando; no en vano el entorno de Aiako Harria registra una de las mayores pluviosidades europeas, en torno a los 3.000 mm.